Jest kompozytorem, pianistą, dyrygentem, aranżerem i producentem muzycznym, prezesem Studio Buffo sp. z oo.

Naukę muzyki rozpoczął w piątym roku życia.  W latach 1973-78 studiował w Katedrze Historii i Teorii Muzyki Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie; 1975-80 jako pianista prowadził zespoł muzyczny Teatru STU w Krakowie, w którym debiutował jako kompozytor (1976) muzyką do spektaklu „Pacjenci“ wg „Mistrza i Małgorzaty“ M.Bułhakowa.
W 1979 napisał muzykę do spektaklu „De Blijde Intrede van Christus in Brussel“ wystawionego w Królewskim Teatrze Flamandzkim z okazji 1000-lecia Brukseli (wydana na płycie Ariola Benelux).
W 1980-81 był kier. muzycznym Teatru im. W. Bogusławskiego w Kaliszu a 1984-90 Teatru Ateneum w Warszawie.
W 1992 założył Wydawnictwa Muzyczne i Nutowe Stokłosa Editions promujące polską muzykę współczesną (był wydawcą m.in Elżbiety Sikory czy Pawła Mykietyna).
Również w 1992  został prezesem spółki Studio Buffo, właściciela m.in pierwszego prywatnego teatru w Polsce, który wspólnie z reżyserem i choreografem Januszem Józefowiczem prowadzą do dzisiaj. 1985-1990 jako pianista współpracował z M.Bajorem i W.Młynarskim koncertując zarówno w Polsce jak i w wielu krajach Europy, Kanadzie i USA.
W latach 1994-2001 wraz z W.Mannem i K.Materną współtworzył telewizyjny talk-show MdM. Od 2006 jako dyrygent i dyr. artystyczny prowadzi coroczne koncerty Bożonarodzeniowe w Katedrze Cystersów w Pelplinie, w których biorą udział najwybitniejsze gwiazdy polskiej sceny operowej i estrady.
W 2010 na zamówienie Instytutu F.Chopina wraz z córką Marią (reżyserka i choreografka) stworzyli spektakl „Let’s dance Chopin“ dla 11 tancerzy, kwintet jazzowy i ork. symfoniczną, który inaugurował dzień polski na Expo 2010 w Szanghaju.

Ma w swoim dorobku ponad 200 partytur do spektakli teatralnych, filmów fabularnych, telewizyjnych i dokumentalnych. Spektakle z muzyką Janusza Stokłosy wystawiane były na najbardziej prestiżowych scenach Europy: Burgtheater, Akademietheater (Wiedeń), Schaubuhne, Volksbuhne, Berliner Ensemble, Deutsches Theater (Berlin), Shauspielhaus (Zurich), Bremer Theater (Brema) a także w Rosji, USA, Japonii i Chinach.

Jest pionierem polskiego musicalu: „Metro“ (1991), „Piotruś Pan“ (2000), „Romeo i Julia“ (2004), „Panna Tutli Putli“ (2004), „Polita“ (2011), „Mistrz i Małgorzata“ (2021) – wszystkie w reżyserii Janusza Józefowicza – „kompozytorem o dużej inwencji melodycznej, chętnie posługuje się cytatami, korzysta z różnorodnych gatunków i form muzycznych“ (Encyklopedia Muzyczna PWM).

Nominowany do Tony Award za „Metro“ – najlepsza partytura w sezonie 1991/1992 (Broadway NY 1992), nominowany do Złotej Maski – najlepszy dyregent w sezonie 1999/2000 (Moskwa 2001), „Metro“ jako najlepszy spektakl muzyczny uhonorowane Złotą Maską – najwyższym wyróżnieniem teatralnym Rosji (Moskwa 2001), Emmy Award dla filmu „Nicolas Winton – Power of Good“ z muzyką Janusza Stokłosy (Los Angeles 2002),  wraz z Januszem Józefowiczem dwukrotnie otrzymali tytuł „Legendy Musicalu“ – prestiżowe wyróżnienie przyznawane przez środowisko teatralne w Rosji (Moskwa 2014 i 2018), Grand Prix dla musicalu „Polita“ na
11 Międzynarodowym Festiwalu Musicalowym w Korei Płd (Deagu 2017).

Odznaczenia :
Srebrny Medal Gloria Artis – 2012,
Tytuł Honorowego Obywatela miasta Nowy Targ – 2016,
Złoty Medal Gloria Artis – 2024.

Ukazało się 10 płyt z muzyką Janusza Stokłosy.

Posiada licencję pilota zawodowego, nalot 1500 godzin. Latanie jest jego wielką pasją.